Polska wraz z pozostałymi państwami UE, które wstąpiły do Wspólnoty z dniem 1 maja 2004 r. nie stosuje w pełni wszystkich artykułów przedmiotowego rozporządzenia. W dalszym ciągu zostaje zachowana kontrola graniczna wobec osób i środków transportu przekraczających polską granicę wewnętrzną UE (tj. z Republiką Federalną Niemiec, Republiką Czeską Republiką Słowacji i Republiką Litwy) na zasadach przewidzianych dla granic zewnętrznych.
Przekraczanie granicy RP nadal dopuszczalne jest tylko w wyznaczonych przejściach granicznych morskich, drogowych, kolejowych i lotniczych w godzinach ich otwarcia i po dokonaniu odprawy granicznej przez funkcjonariuszy Straży Granicznej. Ograniczony katalog zapisów kodeksu obowiązywać będzie aż do czasu pełnego stosowania dorobku Schengen.
Wprowadzenie kodeksu granicznego nie wpływa także na przekraczania granicy polsko-czeskiej i polsko –słowackiej w ramach umów o małym ruchu granicznym oraz na szlakach turystycznych przecinających granicę państwową.
